İzmir Ekonomi Üniversitesi Uluslararası İlişkiler ve Avrupa Birliği Bölümü’nde Doçent olarak görev yapmaktadır. Başkan, Lisans eğitimini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’nde tamamladıktan sonra, Yüksek Lisans ve Doktora derecelerini Bilkent Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Bölümünden almıştır. İslami cemaatler, İslamcı partiler, İslamcı sermaye ve aşırı sağ partiler hakkında çalışmalar yapan Başkan’ın Küreselleşme’nin Yüzleri isimli derleme kitabı ve Middle Eastern Studies, Turkish Studies, Nationalism and Ethnic Politics, South European Society and Politics gibi akademik dergilerde yayınlanmış makaleleri bulunmaktadır.  Halen Uluslararası İlişkiler ve Avrupa Birliği Bölüm Başkanlığını yürütmektedir.